在不久的将来的日本,市民们在一个名叫“Shuseto”的城市里过着普通的生活。然而,在城市的一个角落里,一座看起来像是医疗机器厂建造的铁工厂矗立在山上。在每天的固定时间,那家工厂排放出大量的蒸汽,就像刚刚熨烫过东西一样。 六年级小学生智太,真的和高中女生一起看美女。志泰的女朋友,也就是在国外读书的哥哥,一起在河边消磨时光。 这本来是普通的一天,它以传奇的蜜蜂少女景子驾驶电车撞上智泰而结束。 直女头上长了奇怪的角!紫晶实际上成了芝泰家的仆人,进入了芝泰家。 景子的秘密和她经常背诵的“FLCL”的含义使芝泰的生活发生了巨大的变化。